蒙汉关系也是分阶段发展。第一阶段是蒙古族灭金以后，直至蒙哥汗灭南宋，这一时期。自1256年开始，蒙哥汗就发动了灭南宋的战争，并一直持续到1279年，南宋最后的抵抗力量被消灭，陆秀夫背着新立皇帝跳海殉国，南宋正式灭亡。这一时期，蒙汉关系冲突多于和平交往。

　　第二阶段是忽必烈成立元朝以后，在元朝境内实行四等人制，原居北方但已经汉化的契丹和女真人被称为汉人，而最后被统一的南宋境内的百姓则被称为南人，因此，在元朝时期，蒙汉关系可以说是即相互融合又相互冲突，而这一根源则是民族不平等的四等人制。

　　第三阶段是明朝时期的蒙汉关系。朱元璋于1368年建立明朝，将之前的蒙古族赶往了漠北地区。纵观整个明代，蒙汉关系一直处于一种变动的过程中，即时而和平发展，时而剧烈冲突。明成祖朱棣在位期间，为了巩固王朝统治，减少北部边境的蒙古势力威胁，曾先后五次出征漠北，打击残余的蒙古族势力。在打击的同时，又对一些依附过来的蒙古部族进行册封羁縻，诸如朵颜三卫。冲突则更为明显，诸如英宗时期的土木之变，嘉靖时期的庚戌之变。蒙古族势力一直是明朝最大的威胁，但是在冲突中，也有和平交往。明朝在边境地区与北部的蒙古势力开展互市，互通有无，并且一直持续到明末。在明朝官员中也有“鞑官”以及“忠顺营”将士。隆庆年间的俺答封贡也是一个很好的例子。而到了清代，蒙汉关系相比明代则是和平发展较多。

参考资料：李鸿宾等：《中国长城志》·《环境·经济·民族》，南京：江苏凤凰科学技术出版社，2016年。