纳西族东巴医学的理论基础包括“东色”学说、“精威五行”说和“金蛙八卦”说等内容。

　　（1）“东色”学说  

　　相当于中医学的阴阳学说，“东”和“色”分别类似中医学的“父为阳”、“母属阴”和“阳”与“阴”概念。如《冲包记》经书中记述：“天与地中间住着东与色，东是人之父，色是人之母，是他俩使孩子诞生，使谷物生长成熟”。

　　（2）“精威五行”说与“金蛙八卦”

　　“精威五行”即木、水、铁、火、土五行，“金蛙八卦”是以青蛙形体为基本构架构画而成的原始八卦。

　　“精威五行”观念的起源与早期纳西族自然崇拜和原始战事，以及原始的公母观念有关，木、水、铁、火、土是自然界对人有用的几种客观自然物质材料，是纳西族古代哲学认识的重要部分，成为东巴经师的主要思想支柱。

　　纳西族“金蛙八卦”和“精威五行”是纳西族先民在原始动物崇拜的基础上，转而把自然界所获得的各种认识概括、抽象、统一于青蛙躯体上，借助金黄神蛙说与汉族古史记载龙马、神龟或天赐禹的《洪范》五行相似，只是内容不同，体现纳西族古代传统文化的很多内容，反映了纳西族古代文化与哲学认识。纳西族先民认为精威五行是从青蛙死而尸解化生万物中反映出来。其内容：一是金蛙临死连叫了五声，就产生了木、火、土、铁、水五行；一是金黄大蛙死后，尸体的各部位的化生，其骨、血、肉、毛、膀胱分别化生为精威五行中的铁、火、土、木、水。东巴经师称“金蛙八卦”为“巴格”或“巴格贺空”，几乎都掌握了青蛙八卦及其占卜原理知识，用作占卜之用。在东巴经《白蝙蝠取经记》、《碧庖卦松》等书中，对其摆置方式、所含意义等有详尽的表述。“金蛙八卦”说和“精威五行”说反映了纳西族先民对事物的认识有着自己的特殊认识方式，与汉族、彝族的八卦之说均不尽相同。