土家族先民在观察和认识自然界的过程中认识到，人生活在大地上，其上空大气圈为天，其下存在茫茫一层物质为水，认为天是人类生存的空间，地是人类生存的场所，水是人类生存的物质基础，因此天、地、水构成人类生存的三大基础。这是土家族先民最早的天人合一的整体观对自然界与人的认识。土家医藉对自然界天、地、水的认识来解释人体，认为人体主要由三元、十窍、肢节、筋脉和气血精组成，将人体脏腑概括分为上元、中元和下元，用“三元”来解释人体脏腑的构成和功能。

　　土家医认为人体内脏分为上元、中元和下元，上元为天，中元为地，下元属水，各有不同的构成和功能。

　　1. 上元

　　上元又称头元，主要包括脑、心、肺，共居上天，统摄人体气血神志，土家医学认为，头元司神志，主一身，为三元之首。

　　脑，居颅骨内，主神，为人体生命活动的统帅。土家医学认为，人体的精神、意识、思维虽然为脑所主，但与气、血、精三者关系极为密切。气旺、血充、精盛则脑得以充养而精灵，则生命活动旺盛，表现为神志清醒，语言清晰，精神振奋，反应敏捷，动作自如；反之，气少血亏精衰则脑乏失养，出现精神萎靡、语言错乱，反应迟缓，动作艰难等，甚至出现神乱、神昏、神闭、神亡等危重现象。

　　心，位于左胸排叉骨中间，主血，为人体气、血、精输布的中心枢纽。土家医学认为，人体需气、血、精的充养以维持的正常功能，气、血、精均需依靠心气的推动和温煦，才可运行于心和筋脉之中，循环不息。土家医学认为，心似唧筒，心肌松弛，能把全身各处的气血精沿筋脉吸收至心；心肌收缩，则把抽吸到心的气血精通过筋脉输送到三元、十窍和肢节，流布到全身各部组织内维持正常的生理工呢过。若心之功能失常主要表现为两个方面的病理变化：①血亏、气少、精衰，出现面色苍白、爪甲无华、心悸、头晕目眩、倦怠乏力；②还可表现为血气挡胸，出现面口青紫、爪甲发乌、胸闷刺痛等。

　　肺，居胸两侧，主呼吸，为人体气体交换之总汇。土家医学认为，肺似囊袋，上端为喉管与口鼻相连，下端为气管与心相通，肺通过喉管与气管之间的不断更替开合，使上天之清气与体内之浊气得以吐故纳新，交换不息，从而保证机体新陈代谢的正常进行，维持人体的生命活动。肺主呼吸功能失常表现为两个方面的病理变化：①气亏，出现少气，动则喘息，精神萎靡，倦怠乏力等症状；②气挡胸，出现胸闷，气促，肚胀等症状。

　　2. 中元

　　中元又称腹元，主要包括肚、肠、肝，共居腹内，腹元主食物之受纳与运化，为水谷出入之地，水精、谷精化生之处，如大地之长养万物，为三元供养之本。

　　肚（胃），位于上腹，主饮食的受纳与消磨，为人体储藏食物的仓库。土家医学认为，肚似磨，上端一口通过食管与口窍相通，下端一窍与肠相连，饮食从口窍沿食管进入肚，则肚张，张则转动，把食物磨为糜糊，进行初步消化，再经下窍进入肠。肚内病变主要为食停肚（隔食），出现腹胀，不思饮食，嗳气，呕吐，打臭饱嗝等症状。

　　肠，位于脐腹，主饮食的消化，为人体食物消化的场所。土家医学认为，肠似蒸酒缸，把进入肠中的食物糜糊进行发酵，从而分出精微与糟粕；精微部分由肠吸收上注于肝，为机体利用，糟粕部分继续下移，形成粪便，经肛窍排出体外。肠病主要表现为腹胀腹痛，腹泻，便秘，甚则完谷不化等。

　　肝，居右排叉骨后方，右胁之内，主要功能位疏泄人体气机，主水精、谷精的生成，为人体营养物质之源地。肝居中元，能调畅全身气机，促进三元脏器功能的行使，并与人的情志活动密切相关。肠中运化的精微上注于肝，生成水精与谷精，通过肝管流注筋脉，依靠心气作用输布全身，供给三元、十窍、筋脉、肢节等组织器官各种所需的营养物质。肝病则人体所需的营养物质匮乏，出现面色萎黄，消瘦或虚肿，倦怠乏力等症状。

　　3. 下元

　　下元又称足元，包括腰子、尿脬、养儿肠或精脬，共居下元，足元司运动，主行，有排泌余水（尿）之功，为人体孕精生成和贮藏之处，生命发生之根。

　　腰子，共二枚，位于双侧后排叉骨下方之前的板油内，左右各一，有二个开口，各有管道相连。土家医认为，腰子主孕精的生成与贮藏，为人体繁衍之本源。人体孕精来源于先天，并储藏在腰子中，受后天水谷之精的滋养不断成熟。当腰子发育到一定程度，孕精成熟，由腰子输送至养儿肠，孕育成子。若腰子有病，孕精的生成发生障碍，就会产生不孕、腰痛等病症。

　　养儿肠和精脬，均位于少腹。男子的精脬接受腰子输送的孕精，排出体外。如果精脬有病，就会出现遗精、滑精、交合无精等病变。女子的养儿肠接受腰子输送的孕精，如与男子的孕精结合，便能有子，否则化为经水排出体外。养儿肠的病变主要表现为滑胎、月经不调、摆白等。

　　尿脬，位于少腹，主尿，为人体排泌余水之地。土家医学认为，肠有一管与尿脬相通，饮食中的精微部分上注于肝，多余的部分则沿着肠管输入尿脬，在尿脬作用下生成尿液，从尿窍排出体外。尿脬有病，主要表现为排尿困难，尿频、尿急、尿痛、尿闭和水肿等。

　　三元论是土家医学最核心的认识论，人类的生命物质──气、血、精都是由三元脏器所产生，人体的各种生命现象均受三元脏器所支配，人体的气血，经天而地、至水循环往复并灌注于全身，依靠三元功能协调，维持人体正常的生命活动。